Este juego tiene dos versiones; una versión Pokémon Mystery Dungeón: Blue Rescue Team, que es para el Nintendo DS, y el Red Rescue Team, que es sólo para el GameBoy Advance.

Antes de iniciar el juego, tu deber como jugador será armarte de paciencia y responder una serie de preguntas (como por ejemplo ¿te ries mucho?). Cuando termines con el cuestionario, Pokémon Mystery Dungeon te driá que criatura tiene tus características; así, cuando establezcas tu identidad Pokémon, despertarás abruptamente en el centro de un bosque desconocido, desorientado por los alrededores y tu nueva forma.

Enseguida oyes gritos de pánico que vienen del interior de los bosques, por lo que deberás reunir valor y siguiendo las voces asustadas, entrarás a un oscuro calabozo, que será el primero de los muchos que deberás atravesar en el juego.

En esta versión, no habrán mapas arreglados; ahora cada vez que entres a un calabozo será uno nuevo que se generará al azar. La localización de ítems, escaleras y enemigos cambiará su ubicación, así que no te molestes en trazar tus propios mapas con la ubicación de las criaturas raras u objetos especiales, ya que no estarán allí la próxima  vez que entres.